O Museu de Documentos Especiais funciona no interior do Instituto do Arquivo Nacional de Cabo Verde, um sistema composto por três grandes setores, a saber: Arquivo, Biblioteca e Museu. Estes setores estão interligados e instalados em espaços apropriados e fazem parte do organigrama do IANCV, cuja tutela é partilhada entre o Ministério da Cultura e Indústrias Criativas (MCIC) e o Ministério da Modernização do Estado e da Administração Pública (MMEAP), é dirigido por um Presidente e possui os seguintes serviços: Direção dos Serviços Técnicos; Direção de Pesquisas e Comunicação Documental e Direção de Administração e Finanças.
O MDE faz parte da Direção de Pesquisa e Comunicação Documental e tem acesso aos seguintes serviços que servem toda a instituição: Sala de Leitura e Sala de Pesquisadores, com um atelier de reprografia; Sala de Conferências; Oficina de Encadernação e Restauro; Oficina de Microfilmagem e digitalização; Serviços Administrativos e Financeiros.
O espaço de acolhimento é comum para os utilizadores da Sala de Leitura. Além das acomodações e TV no hall de entrada, os visitantes têm acesso ao estacionamento e à duas WC (masculino e feminino).
Direção de Comunicação Documental:
Garante a informação e divulgação documental bem como as relações com os utilizadores e o público em geral. Tem sobre a sua responsabilidade o funcionamento da Sala de Leitura, Sala de Pesquisa, da Biblioteca de Apoio a Sala de Leitura, e assegura a descrição e catalogação bibliográfica, assim como a publicação de instrumentos de pesquisa das obras adquiridas pelo IANCV.
Uma outra atribuição da DPCD é desenvolver pesquisas históricas que resultem em trabalhos científicos.
Biblioteca de Apoio à Sala de Leitura António Carreira:
Setor com um acervo composto por mais de dez mil títulos de obras nacionais e estrangeiras, periódicos incluindo revistas e jornais de Cabo Verde. De realçar, ainda, uma importante coleção de legislações de Portugal e das ex-colónias portuguesas. Através de Catálogos e Base de dados os utilizadores do IANCV têm acesso a essa documentação na Sala de Leitura António Carreira.
Sala de Pesquisadores
Recebe e atende investigadores nacionais e estrangeiros que se dedicam ao estudo e ao ensino da história de Cabo Verde. Neste espaço os utilizadores do IANCV podem, também, aceder ao acervo do MDE em regime de autoatendimento.
Oficina de Restauro e Encadernação
Responsável pela implementação dos serviços e políticas de conservação e restauro do acervo histórico do IANCV. Este serviço tem por objetivo a recuperação de documentos deteriorados e a conservação daqueles que se encontram em perigo de destruição. Tem realizado tarefas importantes no restauro de livros antigos.
Oficina de Microfilmagem e Digitalização
Realiza a preservação da documentação manuscrita através da técnica de digitalização. Tem como objetivo a digitalização, fotocópia e reprodução fotográfica de documentos em fase de deterioração. Realiza, também, a digitalizaçãode documentos solicitados pelo público por investigadores nacionais e estrangeiros.